Что нужно знать
- Некоторые файлы PDB являются файлами базы данных программы.
- Откройте один с помощью текстового редактора или программы, например Geneious.
- Преобразование в другой формат с помощью той же программы, которая открывает ваш конкретный файл базы данных.
В этой статье объясняется, что такое файл PDB, как его открыть и как преобразовать в другой формат.
Что такое файл PDB?
Файл с расширением PDB, скорее всего, является файлом базы данных программы, который используется для хранения отладочной информации о программе или модуле, например файл DLL или EXE. Иногда их называют файлами символов.
Файл сопоставляет различные компоненты и операторы исходного кода с его окончательным скомпилированным продуктом, который затем может использовать отладчик для поиска исходного файла и места в исполняемом файле, в котором он должен остановить процесс отладки.
Некоторые файлы PDB вместо этого могут быть в формате файла Protein Data Bank. Это простые текстовые файлы, в которых хранятся координаты белковых структур.
Другие файлы PDB могут быть созданы в базе данных Palm или формате файла PalmDOC и использоваться с мобильной операционной системой PalmOS; некоторые файлы в этом формате вместо этого используют расширение файла. PRC. Еще один формат, использующий то же расширение, - Tanida Demo Builder.
Как открыть файл PDB
Различные программы используют свой собственный файл PDB для хранения данных в каком-то структурированном формате базы данных, поэтому каждое приложение используется для открытия своего собственного типа.
Geneious, Quicken, Visual Studio и Pegasus - это лишь несколько примеров программ, которые могут использовать этот файл в качестве файла базы данных. Также могут работать Radare и PDBparse.
Некоторые файлы PDB хранятся в виде простого текста, например, файлы базы данных отладки программ Geneious, и полностью удобочитаемы, если их открыть в текстовом редакторе. Вы можете открыть такой файл PDB любой программой, которая может читать текстовые документы, например встроенной программой «Блокнот» в Windows. Некоторые другие совместимые средства просмотра и редакторы включают Notepad++ и Brackets.
Другие файлы PDB не являются текстовыми документами и полезны только при открытии с помощью программы, для которой они предназначены. Например, если ваш файл каким-то образом связан с Quicken, попробуйте использовать это программное обеспечение для его просмотра или редактирования. Visual Studio ожидает увидеть файл PDB в той же папке, что и файл DLL или EXE.
Вы можете просматривать и редактировать файлы Protein Data Bank в Windows, Linux и macOS с помощью Avogadro. Эти программы также могут открыть файл: Jmol, RasMol, QuickPDB и USCF Chimera. Поскольку это обычный текст, вы также можете открыть его в текстовом редакторе.
Palm Desktop должен иметь возможность открыть этот файл, если он находится в формате файла базы данных Palm, но вам, возможно, придется сначала переименовать его, чтобы он имел расширение файла PRC, чтобы эта программа могла его распознать. Калибр - еще один вариант.
Чтобы открыть PDB-файл PalmDOC, попробуйте STDU Viewer.
Tanida Demo Builder открывает файлы в этом формате.
Как преобразовать файл PDB
Файлы базы данных программы, скорее всего, не могут быть преобразованы в другой формат файла, по крайней мере, с помощью обычного инструмента для преобразования файлов. Вместо этого, если есть какое-либо приложение, которое может конвертировать файлы такого типа, это будет та же самая программа, которая может его открыть.
Например, если вам нужно преобразовать файл базы данных из Quicken, попробуйте сделать это с помощью этой программы. Однако этот тип преобразования, вероятно, не только малопригоден, но и не поддерживается в этих приложениях баз данных (т. е. вам, вероятно, не нужно преобразовывать этот тип PDB-файла в какой-либо другой формат).
Файлы Protein Data Bank можно конвертировать в другие форматы с помощью MeshLab. Для этого вам, возможно, придется сначала преобразовать его в WRL с помощью PyMOL из File > Сохранить изображение как > VRML , а затем импортируйте файл WRL в MeshLab и используйте меню File > Export Mesh As, чтобы окончательно преобразовать файл PDB в STL или другой формат файла.
Если вам не нужно, чтобы модель была цветной, вы можете экспортировать файл напрямую в STL с помощью USCF Chimera (ссылка для скачивания выше). В противном случае вы можете использовать тот же метод, что и выше (с MeshLab), чтобы преобразовать PDB в WRL с помощью USCF Chimera, а затем экспортировать WRL в STL с помощью MeshLab.
Преобразовать PDB в PDF или EPUB, если у вас есть файл PalmDOC, можно несколькими способами, но проще всего использовать онлайн-конвертер, такой как Zamzar. Вы можете загрузить свой файл на этот веб-сайт, чтобы иметь возможность конвертировать его в эти форматы, а также в AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT и другие форматы файлов электронных книг.
Конвертировать в формат FASTA можно с помощью онлайн-конвертера PDB в FASTA от Meiler Lab.
Также можно сохранить этот файл в формате CIF (формат кристаллографической информации) онлайн, используя PDBx/mmCIF.
Все еще не могу открыть?
Файлы, которые не открываются ни одним из указанных выше инструментов, вероятно, на самом деле не являются файлами PDB. Возможно, вы неправильно читаете расширение файла; некоторые форматы используют суффикс, очень похожий на PDB, хотя на самом деле они не связаны между собой и работают по-разному.
Например, файл PDF является файлом документа, но большинство программ, указанных выше, не будут корректно отображать текст и/или изображения, если вы попытаетесь открыть его с помощью этих программ. То же самое относится и к другим файлам с аналогичными расширениями файлов, такими как файлы DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO и WPD.
PBD принадлежит программе EaseUS Todo Backup и поэтому полезен только при открытии с помощью этой программы.
Если у вас нет файла PDB, изучите расширение файла, которое имеет ваш файл, чтобы найти подходящую программу, которая открывает или конвертирует его.
Расширенное чтение файлов PDB
Вы можете прочитать намного больше о файлах баз данных программ на GitHub и Wintellect.
Есть еще что узнать о файлах Protein Data Bank; см. Worldwide Protein Data Bank и RCSB PDB.
Часто задаваемые вопросы
- Как исправить, если Visual Studio не может найти или открыть файлы PDB? Если вы видите сообщение о том, что Visual Studio не может найти или открыть файл PDB, попробуйте с помощью средства отладки Visual Studio. Перейдите к Инструменты > Опции > Отладка > Символы и выберите Серверы символов Microsoft
- Как открыть файл PDB на Android? Чтобы открыть файл PDB на Android, используйте стороннюю программу для чтения файлов. Загрузите приложение Cool Reader или любую другую программу для чтения с поддержкой файлов PDB в Google Play.
